Adıvar ,Fatih'in metafizik konulara karşı şiddetli ilgisini belirttikten sonra bazı Avrupalı tarihçilerin ‘'Fatih ne Müslümandı ne de Hıristiyandı'' iddiasında bulunduğunu, ‘'Padişah hiçbir dine inanmış değildi'' diye ve ‘'İnsanlar ancak kadere ve erdeme iman etmelidirler diyen II.Mehmet'in oğlu Beyazıt , ayni terbiyeyi almamıştır'' diye yazdıklarını belirtmektedir. Bütün bunlardan padişahın dogmatik bir dindar olmadığı, eleştirici ve şüpheci bir görüşe sahip olduğu düşünülebilir. Avrupa'da Fatih hakkındaki bu değişik fikirler çok yaygın olmalı ki Papa Pius II Fatih'e hitaben , Hıristiyan dinini kabul ederse onu bütün Doğu ve Bizans'ın İmparatoru ilan edeceğini belirten bir mektup yazmıştır. 1642 satır tutan bu Latince mektubu sonuna kadar okumasını rica etmiştir. Mektubun bir yerinde ‘'Seni bütün ölümlülerin en büyük, en güçlü ve en ünlüsü yapmak için küçücük bir şey yeterlidir. O şey nedir diyeceksin; bunu bilmek güç değildir. Seni vaftiz etmek için birkaç damla su. Bundan sonra seni bütün Doğu'nun ve Bizans'ın imparatoru nasedeceğiz'' diye yazmıştır. Bu mektup Fatih'e gönderilmemiştir. Gönderilmiş gibi bu mektuba cevabı yine Papa yazmıştır. Adıvar ayrıca şunu da eklemektedir ; ‘'Deisman, A.D. Mordtmana'a dayanarak ‘'Nihayet Fatih'in saray kütüphanesini dünya tarihinde bir dönüm noktası yarattıktan sonra , Doğu ve Batının kapısında durarak, bu iki dünyanın kültürünü kendinde toplayan laik bir insanın mirası gibi saymak lazımdır'' diye yazdığını belirtmekte ve eklemektedir; ‘' Bu güzel sözlere katılmayacak bir Türk tarihçisi var olmamakla birlikte şunu da eklemek isteriz ki , eğer Mehmet II, savaşlardan daha fazla zaman arttırabilmiş ve eski çağlar ilim ve felsefesini daha fazla incelemiş olsaydı Türkiye'de ilim Rönesansı'nın (gerçekleşmeğe başlaması)19.yüzyıla kadar kalmayacağına inanılabilir''(Adıvar, 43)
Batı'da skolastik düşüncenin sınırları zorlanmakta , kilisenin katı kurallarına karşı savaşlar verilmekte ilken, Osmanlı Devleti'nde Fatih Sultan Mehmet Nasuriddin yerine Hocazade'nin görüşlerini kabul ederek bilime karşı dar ve skolastik düşünce sisteminin kapısını açtı. Fatih'in İran'dan çağırdığı Nasureddin , İbn-i Rüşt'ün din ve felsefenin bağdaştırılabileceği ve mutlak bir Tanrı düşüncesini insan aklının algılamaya yeterli olduğu tezini savunur. Hocazade Muslihiddin Efendi ise, Gazali'nin tutumunu benimseyerek mantığın tıp ve matematik gibi gerçek bilimlere uygulanabileceğini, bunun dini konulara uygulanmasının insanı ancak yanılgıya götürebileceğini, bu yüzden dini bilimlerin mantık ve felsefenin iddialarına karşı savunulması gerektiğini söyler Uzun tartışmalardan sonra. Onun görüşleri kabul görür. Böylece Prof Dr. Stanford Shaw'a göre , Türk insanının 450 yıl sürecek skolastik düşünce yolculuğu başlar. Aklı öne çıkaran Cumhuriyet Türkiye'si ile ve gerçek Rönesans niteliğindeki Atatürk devrimleri ile bu yolculuk durdurulmuştur. Fakat son yıllarda tekrar skolastik yolculuğuna doğru tren yeniden hareket etmiştir ve bu yönde giderek hızını arttırmaktadır.
İslam Ansiklopedisi'ne yazdığı Fatih maddesinde Halil İnalcık Fatih'in kişiliği hakkındaki görüşünü makalenin sonunda aşağıdaki satırlarla açıklamıştır ‘'İtalya'da İbn Rüşd felsefesinin hala hararetle tartışıldığı bir devirde Fatih'in Hocazade ya da Ali Kuşçu'ya dönmesi tabiidir. Babinger'in Deismann'ın iddiasına karşı söylediği gibi , Fatih'i bir Rönesans hükümdarı gibi telakki etmek abartılıdır. Bununla beraber Fatih devrinde Osmanlı kültürünün Batı kültürü ile serbest bir şekilde temasa geldiği ve sonraki devirde bunun kösteklendiği de bir gerçektir''
Fatih'in ilme olan katkısının kanıtlarından biri de Fatih camiinin etrafında yaptırdığı medreselerdir . ‘'Medaris-i semaniye ‘' denilen sekiz medrese ve her medresenin arkasında ‘'Tetimme'' denilen küçük sekiz medrese daha bulunmakta idi.
Müderrisler ve öğrenciler için kütüphane, bütün hastalıkların tedavisi ve bütün ilaçların verilmesi emredilen bir ‘'Darüşşifa''- hastane -, gurbetten gelen ulemanın ve yolcuların barınması için bir ‘'Tabhane'' – misafirhane – yapılmıştı. Bunları kapsayan Fatih vakfiyesi, ayrıca müderrislere ve öğrencilere verilecek ücretleri de içermekteydi.
Fatih zamanında Osmanlı Türklerinde matematik ve astronomi en parlak dönemini yaşamıştır. Türkistan doğumlu olan ve Uluğ Bey ve Kadı -Zade'den ders alan ,Kirman'da öğrenim yapan İstanbul'a Azerbeycan'dan gelen, Timur'un torunu meşhur astronom Uluğ Bey'in doğancısının oğlu olan Alaeddin Ali Bin Muhammed Kuşçu bu parlak dönemi başlatan kişidir.
