Ali Kuşçu, Kadı- Zade'nin ölümü üzerine rasathanenin başına geçmiş, fakat Uluğ Bey'in kardeşleri tarafından öldürülmesi üzerine Azerbeycan'a gitmiştir. Oradan Akkoyunlular padişahı Uzun Hasan tarafından Fatih'e elçi olarak gönderilmiştir. Fatih onu Ayasofya medresesine günlük 200 akçe maaşla atamıştır.Ali Kuşçu İstanbul'a geldiğinde zamanın en ünlü bilginlerinden Hoca-zade tarafından karşılanmıştır. İkisi arasında gel git dalgaları üzerine tartışma olmuştur. Ali Kuşçu 16.Aralık 1474'de vefat etmiştir. Onun bilimsel çalışmaları iki kısma ayrılabilir; İlk kısım kelam ve filolojidir. İkinci kısım matematik ve astronomidir. Astronomi konusunda Farsça yazdığı önemli bir eser olan ‘'Risale fi'l-Hey'e'' dir , buna gök çizimlerinin dünyamızdan uzaklıklarına ait bir bölüm de eklenmiştir.Bu eseri Arapça tercümesini Ali Kuşçu Fatih'e kendisi takdim etmiştir. Kuşçu'nun Uluğ Bey'in Zic'ine yazdığı şerh en önemli eseri olarak görülür.(Adıvar, 49).
Fetihten sonra İtanbul'un ilk kadısı olan Hızır Bey'in oğlu Yusuf Sinan Paşa, o dönemin matematikçilerinden bir başka ünlü kişidir. Şüpheci bir felsefe sahibi olduğu için , ailesi tarafından kendisine zaman zaman deli gözüyle bakıldığı olmuştur. Padişahın gazabına uğramış , hapse atılmış, zamanın dalkavuk olmayan bilginleri bu hareketi şiddetle kınamışlar ve o hapisten çıkarılmazsa, bütün kitaplarını yakacakları ve ülkeyi terkedecekleri tehdidinde bulunmuşlardır. Bunun üzerine Sinan Paşa hapisten çıkarılmış ve Sivrihisar'a kadı ve müderris olarak atanmıştır.
Fatih döneminde tıpta hayli gelişme sağlanmıştır. Zamanın meşhur şeyhlerinden Muhammed bin Hamza Akşemsettin'in ‘'Kitab- ı TIb''ı ve'Ma- i kibrit – i şerif''i, Amasya Darüşşifası Başhekimi Sabuncuoğlu Şerafettin Ali bin Elhac İlyas'ın ‘'Cerrahname – i İlhanı''si ve ‘'Mücerrehname'' si ilgi çekici eserlerdir.Adıvar, 398 sahifelik Cerrahname'nin Endülüslü hekim Ebül Kasım Zehravi'nin ‘'Et-tasrif'' isimli eserinin satır satır tercümesi olduğunu , yalnız kitaba cerrahi aletlerin resimlerinin eklendiğini belirtmektedir ( Adıvar,51). Diğer kitabında ise İlyas, kendi tecrübelerini ve yılan zehirine bulduğu ilacı anlatmaktadır. Zamanın idrar yolları hastalıklarıyla uğraşan ünlü doktoru Altıncı - zade'dir. İdrar tıkanıklığını İbn -Sina yöntemiyle ilk kez çözen kişidir. Zamanın bilginlerinden Hoca- zade, astronom Esirüddin Mufaddal bin Ömer-ül- Ebheri'nin ‘'Hidayet-ül – Hikme''isimli eski fiziği kapsayan eserine şerh yazan Molla -zade Ahmed bin Muhammed -ül – Harzayani'nin şerhine bir çıkma yapmış ,bunda eski fiziğin , doğal çizimlerdeki hareket, sükun, ve meyil gibi özelliklerini açıkladıktan, nokta ve çizgi üzerine bazı bilgiler vermiş, ışık ışınlarını ve gökkuşağını ve başka gök olaylarını anlatmıştır. Hoca -zade'nin en son görevi Bursa kadılığı ve Sultaniye medresesi müderrisliğidir.Fatih edebiyata da meraklıydı Ayni adı ile şiirler de yazardı. Sarayında her zaman Acem ve Türk şairleri bulundururdu. Fakat gerçek ilgisinin bilime dönük olduğu bilinmektedir.
Fatih Sultan Mehmet 27 ya da 29 Nisan 1481'de görkemli bir ordu ve toplarıyla doğu yönünde, ancak hedefini bildirmediği bir sefer için İstanbul'dan yola çıkıyor , Üsküdar'ı geçtikten sonra rahatsızlanıyor ve birkaç gün mola veriyor. Atla yoluna devam edemeyecek kadar dermansızlaşıyor. Yoluna araba içinde devam etmeye çalışıyor. Gebze'ye yakın Hünkar Çayırı'nda (Tekir Çayırı) iyice halsizleşiyor ve 3 ya da 4 Mayıs Perşembe günü akşama yakın 49 ya da 51 yaşında vefat ediyor. Hastalığı sırasında ilk müdahaleyi yakın dostu ve daima yanında bulundurduğu Yakup Paşa ( Gaetalı Maestro Jacopo) yapıyor. Sonuç alınamıyor ve hastalık ağırlaşıyor. Bunun üzerine Acem doktor Lari çağrılıyor. Lari Yakup'un ilaçları yerine başka ilaçlar veriyor. Durum iyileşeceğine daha da kötüleşiyor. Bunun üzerine Yakup'u tekrar istiyor ve ölünceye kadar onun kontrolünde kalıyor. Fatih'in ölümünün zehirlenme sonucu olduğunu savunanların bir kısmı Venedik üzerinden Yakup Paşa'yı , bir kısmı da II. Beyazıt üzerinden Lari'yi suçluyorlar .Fatih'in ölümünden hemen sonra , Beyazıt'ı destekleyenler tarafından organize edilen kıyım sonucu Yakup Paşa öldürtülüyor. Lari ise bir süre sonra ayni akibete Edirne'de uğruyor. Diğer yandan Fatih'in, zehirlenme sonucu değil hastalığının sonucunda öldüğünü yazanlar da bulunmaktadır. (Aydın, 3)
