Sadrazam saray erkanı ve memurlar arasında da reformlara girişti. Yeteneksiz memurları yarı aylıkla emekli yaptı. Yerlerine okullardan yetişen genç Osmanlılar getirildi. 16. Yüzyıldaki etkinlik standardını geri getirmek ve rüşveti kaldırmak için önlemler aldı. İlk kez verimliliği arttırmak için , bütün memurların resmi belgelere tarih yazmaları ve bunları korumaları istendi (Shaw,309).
Osmanlı Devleti'nin değişik dönemlerinde olduğu ve olacağı gibi Sadrazam Köprülü Hoca Hüseyin Paşa'nın bu reform hareketlerine karşı, çıkarları zarar görecek olanlar harekete geçtiler. Başlarında Şeyhülislam Feyzullah Efendi bulunuyordu.Yönetici sınıf reformlar için ancak, imparotorluğu düşmanlarından kurtarmak için , gerekli ise izin verebilirdi.Tehlike geçer gezmez de reformları başarısızlığa uğratmaya , engellenmeye çalışacaklardı. Karlofça'nın ilk etkileri ortadan kalktıktan ortalık sakinleştikten sonra , Feyzullah Efendi sadrazama karşı harekete geçti. Kilit noktalara kendi akraba ve adamlarını yerleştirdi. Şeyhülislamlık makamı boşalınca oğlu Fethullah Efendi'nin getirilmesini sağladı.O güne kadar ulema sınıfından bir hanedan yaratılması söz konusu olmamıştı. Feyzullah Efendi yönetim işlerine de karışmaya başladı
Çoğu kez görüşlerine katılmadığı sadrazamın emirlerini dikkate almadı. Mezzomorto Hüseyin Paşa ikisinin arasını bulmaya çalıştı.Fakat onun Temmuz 1701'de ölümü nedeniyle herhangi bir uzlaşma gerçekleşmedi. Sadrazam Amcazade Köprülü Hüseyin Paşa üzüntüden hastalandı ve 1702 Eylül'ülünde vefat etti. Zamanın en büyük devrimcisinin makamı boşalmış oldu.
Feyzullah Efendi bu durumdan yararlandı. Güçlendi. Sadrazamları kendi denetiminde tutmaya, devletin bütün alanlarında bu gücünü göstermeye başladı.Kendisine iltizam ve tımar sahiplerinden sürekli olarak hediyeler ve rüşvet akıyordu. Padişah Edirne sarayına çekilmiş bütün yönetimi Feyzullah Efendi'ye bırakmıştı. Bu durumdan askerler, tüccar ve zanaatkarlar şikayetçi idi . Savaşlar ve cüluslarda ödenen paralardan dolayı hazine boşalmıştı. Devlette aylıkların ödenmesi üç dört yıl geride kalmıştı.Vergi salma ve toplama altüst olmuş, tımar ve zeametler ‘'malikane'' ismiyle yaşam boyu mülkiyete dönüşmüş, hazineye göstermelik bir vergi ödüyorlar, bunların sahipleri bu toprakları, devlet müdahalesi olmadan varislerine bırakabiliyor ya da satabiliyordu. Binlerce köylü toprağından kaçmaya başlamış, üretim düşmüş, kent nüfusu köylerden göç nedeniyle çok artmış, kentler ve kırsal bölgeler bir kıvılcımla patlayacak barut fıçısına dönüşmüştü (Shaw. 310).
18 Temmuz 1703'te Gürcistan seferine ayrılan dört yeniçeri birliği aylıkları tam olarak ödenmezse yola çıkmayı reddetti. Padişah ve Şeyhülislam'ın Edirne'de keyif çattığını ve ülke sorunlarını unuttuğunu söylediler. Başkentin İstanbul'dan Edirne'ye taşınacağı söylentisi de şehirde giderek yayılıyordu. Sultan Ahmet Camii önünde binlerce asker, zanaatkar, tüccar ve halk durumu protesto amacıyla toplandı. Feyzullah Efendi sadrazama iki yıllık geçmiş aylıkların ödenmesi emrini verdi.Bu ödün yeni ödünlerin yolunu açtı. Toplananlar sarayın kapılarına doğru yürüyünce şeyhülislamın kötü yönetimi ve zorbalıklarına karşı olan softalar da onlara katıldı. Padişah ve Feyzullah Efendi Edirne'de idi. İsyan edenler bu nedenle saraya kolayca girdi. 23 Temmuz'da sarayı ele geçirdiler. Yakaladıkları hükümet üyelerinin yerlerine kendi adamlarını koydular ve yargılanmak üzere Feyzullah Efendi ve arkadaşlarını Edirne'den İstanbul'a getirilmeleri için emir verdiler.
Padişah ve danışmanları İstanbul'da olanlardan habersiz , Edirne'de avlanmaya devam ettiler. Padişah durumu öğrenince, 30 Temmuz'da Feyzullah Efendi ve oğullarını görevden aldı ve Erzurum'a sürgüne gönderdi. Bu isyanı bastırmaya yeterli olmadı. Padişah II. Mustafa kendini ve Edirne'yi savunmak ve İstanbul'a yürümek için bir ordu topladı. Fakat toplanan askerlerin bir kısmı isyancılara katılınca padişah ordusu birkaç bin kişiye indi . Padişah orduya İstanbul'a yürüme emrini verdi. İsyancılar bunu haber alınca kendi kuvvetlerini, 13 Ağustos'ta Edirne'ye doğru yola çıkardılar. İki ordu 21 Ağustos'ta Babaesi'ye yaklaşırken çatışma olasılığı arttı. İlk kez Osmanlı tarihinde iki ordu arasında bir çatışma olacaktı. Padişah , Feyzullah Efendi ve etrafındakileri azlettiği için, bir sorun kalmadığını iddia etti.
