Osmanli İmparatorluğu Fransız İhtilali'nde tarafsız kaldığından İstanbul'a gelen ihtilal yanlıları kahvehanelerde özgürlük , eşitlik ve kardeşlik üzerine Fransızca ve Türkçe broşürler dağıtabiliyor, bu konularda konuşabiliyorlardı. Zaman zaman ihtilalci Fransa'yı desteklemesi III. Selim'in ihtilalin kırallık ya da Osmanlı düzeni için ne demek olduğunu anlayamadığını göstermekteydi. (Shaw I, 359). III.Selim'in iktidarının sonunda ihtilalin gerçek anlamını kavramış olan ve bunu Osmanlı düzenine karşıt olduğu gerekçesiyle yerecek olan Osmanlılar ortaya çıkmıştı. III.Selim'in bütün reformları , Nizam- ı Cedid dahil, Avrupa ile düzenli ilişkiler kurulmadan önce başlatılmıştı. 1807'de III.Selim'in tahttan indirilmesi ve reformların ortadan kaldırılması yandaşları arasında pek fazla desteğe sahip olmadığını göstermekte idi. III.Selim'in reformları kısıtlı olmuştu. Çok ciddi iç ve dış sorunlarla da aksamıştı.
1789 -1791 savaşı devleti asker toplamada hem Anadolu ve Arap hem de Avrupa eyaletlerindeki ayanlara bağlı bırakmış, padişahın bunları denetlemesi olanaksız hale gelmişti. Yaş anlaşmasından sonra padişah altı yıllık bir barış döneminden yararlanmıştı. 1797 Ekimi'nde yapılan Habsburg Avusturya'sı ve Fransızlar arasındaki Campoformio anlaşması ile Venedik Cumhuriyeti sona erdirilmişti. Avusturya İstria yarımadası ile Dalmaçya'yı almış , Fransa ise Yunan adalarını, Parga , Preveze ve Butrinto limanlarını ele geçirmişti. Böylece Fransa ile Osmanlılar ilk kez sınır komşusu olmuştu.
Bonaparte Osmanlı topraklarında gözü olmadığını ilan etmişti. 1796 Kasım'ında Katerina ölmüş , oğlu çar Paul geçmişin saldırgan tutumunu terketmiş , Bab -ı Ali ile karşılıklı çıkara dayalı bir ilişkiye girmek istemişti.
Toulon'daki Bonaparte'ın hazırlıklarını gözetlemek için gönderilen Lord Nelson yönetimindeki filonun önünden kaçarak Bonaparte 1.Temmuz 1798'de İskenderiye'ye çıkartma yaptı ve böylece Osmanlı devleti ile olan ilişkilerinde temel bir değişiklik başladı. Değişik safhalardan geçen Mısır'ın Fransa tarafından işgali ,İngiliz – Osmanlı müşterek kuvvetleri tarafından 31 Ağustos 1801'de durduruldu ve Fransızlar teslim oldu. Fransız işgali sırasında modası geçmiş kurumların kaldırılması nedeniyle, Mısır Osmanlı İmparatorluğunun diğer bölgelerinde olduğundan daha hızlı ve fazla bir deneyimle ilerleme imkanına kavuşmuş bulunuyordu. III.Selim'in Fransa'nın düşmanı İngiltere ve Rusya ile bir dostluk anlaşmasından sonra Fransa ile olan ilişkiler koptu. Divanın Fransa taraflısı üyeleri tutuklandı, İmparatorluk topraklarındaki Fransız ticari mal ve mülklerine el kondu. Bu kez Mısır'a yerleşen İngilizlerin Mısır'ı işgal altında tutmaları ve İstanbul'daki Fransız ajanlarının kışkırtmaları sonucunda Osmanlılar'la Fransa arasında 25 Haziran 1802'de Amiens barış anlaşması imzalandı.Fransızlardan alınan her şey geri verildi, kapitülasyonlar yenilendi. Barış nedeni ile imparatorluk nefes alabilir ve reformlarla uğraşabilecek duruma geldi. Fakat Mısır ve Arap eyaletlerindeki sorunlar , bağımsızlık yanlısı hareketler, Osmanlı egemenliğine karşı 1803 – 1805 arasındaki Sırbistan ihtilali İstanbul yönetimini zorluyordu. 1804'de Bonaparte kendini imparator ilan etti. Avusturya ve İngilere'nin etkisi ile, III. Selim onun imparatorluğunu tanımadı.Bonaparte da 22 Aralık 1805'te ilişkileri kesti.Fransa'nın 17 Ekim 1805'de Avusturya ve Rus ordularını Ulm'da ve 2 Aralık 1805'de Austerlitz'de yenmesi sonucunda , Osmanlılar Şubat 1806'da Bonarparte'ın imparatorluğunu tanımak zorunda kaldılar. Fransızlar, İngilizler ve Ruslar bir yandan dostluk gösterirken bir yandan da saldırma tehdidinde bulunuyorlardı. III.Selim tam şaşkınlık içindeydi.
III.Selim 1805 yazında Edirne'de de bir Nizam – ı Cedid ordusu kurulmasını istedi.Askerler Balkanlar'dan toplanacaktı. Ayan karşı geldi. Onların tehditleri karşısında III.Selim bu kararını geri çekmek, tutucuları tatmin etme zorunda kaldı. Hatta Nizam- ı Cedid'i başına onları getirdi. Bu da onun aleyhtarlarını daha da güçlendirdi. Osmanlı Rus barışını sağlamaya çalışan İngiltere elçisi 22 Eylül 1806'da padişahtan imparatorluktaki Fransız etkisinin sona erdirilmesini, Fransızları kovmak için de Rus gemilerinin boğazlardan geçmesine izin verilmesini istiyordu.
III.Selim başlangıçta bu istekleri kabul etti. Fakat 14 Ekim 1806'da Bonaparte Prusyalıları Jena'da yenince bundan vazgeçti. İstanbul savunmaya geçti. Padişahı Rus isteklerine boyun eğmeye zorlamak için İstanbul'a gelen İngiliz filosu, Osmanlılar boğazları kapatmadan önce, Çanakkale boğazından 16 Mart 1807'de çıkış yaptı , Akdeniz'e açıldı. İngilizler Mısır'da bir Memlük iktidarı kurmak istiyordu. Fakat Memlüklüler padişah adına hareket eden Mehmet Ali Paşa tarafından bozguna uğratılmışlardı. İnglizler'in Mısır'ı işgal edecek yeterli kuvveti yoktu ve ülkeyi ilerde kendi hanedanını kuracak olan birine 17 Eylül 1807'de terketmek zorunda kaldılar.
Her türlü yeniliği İslam yasa ve geleneklerine aykırı gören ülema sınıfının çoğunluğu, reformları kendilerine karşı tehdit kabul eden yeniçeriler ve diğerleri padişahın karşısında idi. Laik düzenin kendileri için tehlikeli olacağını düşünen pek çok Osmanlı ileri geleni de geç kalınmadan Avrupa'ya karşı demir perdenin tekrar indirilmesini istemekteydi. Halk devam eden ekonomik ve mali sorunları , enflasyonu yapılmakta olan reformlara bağlamaya başlamıştı. Bir bunalım anında, reform yanlıları güçsüz kalmakta olduklarından, padişahı destekleyebilecek konumda değildi
1807 Mayıs'ının 25'inde Büyükdere'deki yeniçeri yamakları başlarında Kabakçı Mustafa olduğu halde baş kaldırdılar.Kendilerine yeni üniforma giydirmek isteyen bir Nizam – ı Cedid subayını öldürdüler. Padişah bu noktada başkaldırıyı önleyebilirdi. Ama gerici Şeyhülislam Ataullah Efendi'nin (1760 – 14.10.1811)başında bulunduğu gurup askerle uzlaşmasını öneriyorlardı.Uzlaşma görüşmeleri 27 Mayıs 1807'de kesildi. İsyancılar saray kapılarına dayandı . III.Selim isyancıları bastırmak için Nizam – ı Cedid'i kaldırdı.Yüksek rütbeli devlet adamlarını isyancılara teslim etti. Fakat sonunda Şeyhülislam bir fetva ile III.Selim'in dini tahrip ettiğini ileri sürerek tahttan indirilmesini istedi. III.Selim yazgısına boyun eğdi. Saraya çekildi.
