Yerine 29 Ekim 1807'de IV.Mustafa (8.9.1779 – 17.11.1808) tahtta çıkarıldı.Rusçuk ayanı Alemdar Mustafa Paşa (1765 (Khotyn Ukranya) – 15.1808) III.Selim'i tekrar tahtta geçirmek için İstanbul'a doğru yola çıktı. Şehre yaklaştığı sıralarda IV.Mustafa'nın emriyle 28 Temmuz 1808'de III.Selim boğduruldu. Böylece gelenekçi reformcuların en liberalinin hükümdarlığı acı bir sonla bitmiş oldu. Reformcular bu kez bir padişahı kurban verdiler.. Bilerek ya da bilmeyerek bir Osmanlı Rönesansı'na başlangıç yapmaya çalışan ve bunu büyük olasılıkla gerçekleştirebilecek yetenekte ve istekte olan III.Selim tutucu ve gerici guruplarla başedemedi , yenildi.
28 yaşında padişah olan IV.Mustafa kendisini tahtta geçirenlerin bir kuklası oldu. Nizam -ı Cedid'i , ona ilişkin kurumları ve okulları ortadan kaldıran fermanlar yayınladı. Devleti yenilgiye uğratan herşeyin reformlardan kaynaklandığı ilan edildi. Konan vergiler kaldırıldı. Eski sistem dönüldü. Geleneksel yasa ve kurumlar bundan böyle geçerli olacaktı.Askerden atılanlar geri alındı. Cedid subay ve askerleri yakalandı ve öldürüldüler. III. Selim ve diğerlerini destekleyenler için çok kötü bir dönem başladı. Yeniçeri yamakları İstanbul'da dehşet saçıyorlardı.
III.Selim tahttan indirildiğinde sadrazam ve diğer hükümet ileri gelenleri isyanı destekleyen yeniçeriler tarafından öldürülmüştü. Alemdar Mustafa Paşa isyancıları şimdi işgal ettikleri görevlerden kovmak ve orduda disiplini sağlamak için 8 Haziran 1807'de harekete geçti. Amacı sadrazam olmaktı. Fakat isyancılar kendilerinden birini sadrazam yaptı. O da orduyu başıboş bıraktı Rusçuk'a çekildi.Rusçuk artık İstanbul'daki yönetime karşı olanların merkezi oluyordu.
IV.Mustafa'nın kısa süren hükümdarlığında (1808 – 1809) Yençeriler ve yandaşları eski düzene karşı çıkmak isteyenlerin hepsini yoketmek istedilerse de bunda başarılı olamadılar. Tuna Ayanı Alemdar Mustafa Paşa , yanına aldığı Rusçuk Yaranı adı verilen, devlet işlerinden anlayan, namuslu , karakterli Refik, Tahsin, Ramiz ve Behiç Efendilerle ve ordusuyla (Kocatürk,232) İstanbul'a ansızın geldi. Amacı IV. Mustafa'nın tutsağı durumunda olan III. Selim'i tekrar tahtta çıkartmaktı ve reformları yeniden uygulamaya koymaktı .
Daha önce sarayda bu konuda zemin hazırlanmaya çalışılmıştı. Alemdar'ın İstanbul'a gelişi halkta ve sarayda büyük heyecan yarattı.Alemdar saray kapısına dayandığında Kızlarağası Mercan Ağa'yı çağırttı. ‘'Umum ulema ve devlet adamları , Anadolu hanedanları Sultan Selim efendimizi istiyorlar. Onu getirin tahtta çıkartalım'' dedi. Şeyhülislam Arapzade Arif Efendi'yi de durumu bildirmek üzere IV. Mustafa'ya gönderdi. Sultan Mustafa bunu öfkeyle karşıladı ‘'yıkıl, git! Cemiyeti dağıt, paşayı geri yolla. Yoksa seni paramparça ettiririm'' diyerek şeyhülislamı kovdu. Alemdar bu yanıtı öğrenince saray kapısını balta ve kazmalarla kırdırmaya başladı. Sultan Mustafa'nın adamları ‘' Sizin tahtınızda kalmanız Sultan Selim ve Şehzade Mahmut'un öldürülmesine bağlıdır. İzin verin onları ortadan kaldıralım'' dediler. Sultan Mustafa izin verdi ve onların öldürülmesini emretti. Önce Sultan Selim'e saldırdılar.Vurup yaralayarak barbarca onu öldürdüler. Sultan Mahmut'un yakınları onu öldürmeye gelenlerle kılıçla mücadele etti. Cevri adlı bir cariye gelenlerin suratlarına kül serpti. Bu durumdan yararlanan Şehzade Mahmut bacadan dama çıkarılarak kurtarıldı. Alemdar, saraydan içeri girince kendisinin görmesi için bırakılan Selim'in kanlar içindeki cesediyle karşılaşınca dizlerine kapandı, ağlamağa başladı. Bu sırada Bağdat köşkü sofasında gezinirken Mustafa'nın, karşıdan Sultan Mahmut ve adamlarını görünce ‘'Ben tahttan inmedim. Mahmut'u kim çıkardı?'' diyen sesini duyan Alemdar ‘'Ona söyleyin bucağına gitsin. Yoksa elimden kıyamete kadar lanetleme olacak bir iş çıkmasına sebep olur'' dedi. İmam Ahmet Efendi birkaç kişi ile padişaha gitti ‘'Taht – ı alideki kısmetiniz bu kadarmış. Biraz da harem – i hümayunu teşrif ile istirahat buyurunuz'' deyip onu içeriye soktular. II. Mahmut'un emriyle IV. Mustafa,16.11, 1808'de boğdurularak öldürüldü.
II Mahmut (1785 – 1839) babası I. Abdülhamid öldüğünde dört yaşındaydı. Babasının yerine geçen amcazadesi olan III.Selim ona babalık yapmıştı. Şehzadeliği sırasında iyi bir eğitim ve terbiye gördü. III.Selim'den şiir ve müzik zevki ve hatta doğrudan müzik dersi aldı. II.Mahmut 28 Temmuz 1808 ‘de 23 yaşında hükümdar oldu ve 31yıl padişahlık yaptı.
Alemdar Mustafa Paşa Nizam – ı Cedid yerine Sagban- ı Cedit ordusunu kurdu. 160.000 kişi olarak planlanan orduya başlangıçta 10.000 kişi katıldı.Yeni kurulan Umur -u Cihadiye Nezareti bu ordu için gerekli geliri toplamakla görevlendirildi.Donanmanın düzenlenmesi Abdullah Ramiz Efendi'ye (1768 – 1813) verildi. Ayrıca yeniçeri birliklerinde de reformlar başlatıldı. Memuriyet satışı yasaklandı. Alemdar kendisi sanki hükümdarmış gibi hareket ediyor, tartışma ve onaylama formaliteleri tamamlanmadan emirler veriyordu.Bu konuda II. Mahmut'la çatışıyordu. Reformlardan arpalıklarını ve güçlerini kaybedenler sadrazam karşıtı olmaya başladılar. Sadrazamın askerlerinin başıbozukluğu ve halka verdiği zarar da konuya tuzbiber ekiyordu. Diğer nedenlerin yanında Segban – ı Cedid askerlerinin Ramazanın son gecesi 14 Kasım 1808'de oruçlarını erken bozmalarından dolayı Alemdar'a karşı bir isyan hareketi başlatıldı. Alemdar'a karşı söylentiler arttı, Yeniçeriler de isyana katıldı.Ertesi sabah bayram nedeniyle kapıları açık olan Bab -ı Ali'ye girdiler. Alemdar ve adamları yakındaki küçük bir baruthaneye sığındı. Yeniçeriler damdan içeriye girmeye çalışırken ya kaza sonucu ya da Alemdar Mustafa Paşa tarafından barut fıçıları patlatıldı. Alemdar ve adamlarıyla birlikte dışardaki birkaç yüz yeniçeri öldü. İstanbul yine tutucu isyancıların eline geçti. Reformcular acaba böylece bir kurban daha mı vermiş oluyordu, reformculara destek sağlayan Alemdar Mustafa Paşa da reform kurbanları arasına katılabilir mi?
