II.Mahmut isyancı Ramiz Paşa ve Kadı Abdurrahman'a askerlerini saraya getirmelerini istedi.15 Kasım'da onlar gelene kadar saray birliğini hazırladı. Geldiklerinde isyancıların isteklerini red etti. Saray birliği gelenleri püskürttü .II. Mahmut bu arada IV. Mustafa'yı öldürttü ve isyancılar padişah yapacakları adaydan mahrum kaldılar. 16 Kasım'da iki taraf arasında şiddetli bir çatışma başladı. İsyancılar Ayasofya üzerinden saraya yürüdüler ve sarayın suyunu kestiler. Haliç'teki donanma yeniçeri kışlasını ve saray çevresindeki isyancıları topa tuttu. Çıkan yangınlar Sultan Ahmet, Ayasofya, ve Divan Yolu mahallelerine büyük zarar verdi. Binlerce siviil öldü. Sonunda savaş uzlaşmayla sonuçlandı. Fakat isyancılar anlaşmaya uymadılar. Anlaşma gereğince Segbanlar saraydan silahsız ve üniformasız çıkarken , dışarda bekleyen isyancılar onlara , bazı isyancılar da kışlalara saldırdı. Reformları destekleyen ayandan bir bölümü ve Ramiz Paşa ve kadı Abdurrahman öldürüldü.Gericilik , tutuculuk yine kazanmıştı. Çıkarları tehdit edilen eski ordu kaldırılmadan reformları devamının mümkün olamayacağı bir kez daha anlaşılmıştı.II.Mahmut bu konuda kararlıydı. 1808'den itibaren 1826'ya kadar on sekiz yıllık süre içinde kendisine bağlı bir asker ve devlet adamı kadrosu yetiştirdi.
Donanmayı modernleştirdi. Yeni savaş gemileri yapıldı.Rum askerleri yerine Müslüman denizciler askere alındı.Disiplin sağlandı. Aylıklar arttırıldı. Tuna filosu da İbrail, Silistre,Rusçuk ve Vidin üstlerinde modernleşti. Sınırlardaki kaleler onarıldı. Yeni sınır garnizonları oluşturuldu.Yabancı uzmanların yardımıyla tophaneler ve baruthaneler yenileştirildi.Avrupa'dan modern silahlar ithal edildi ve padişahın hizmetinde kullanılması için sarayda ve özel yerlerde depolandı. Yeniçerilere reformlar uygulanmaya çalışılıyor, karşı gelenler tasfiye ediliyor, birliklerin başına kesinlikle padişah yanlıları getiriliyordu. Yeniçeri ağalığına yükselen (26 Şubat 1823) Hüseyi Ağa,hamisi Silahtar Ali paşa'nın (10 Mart -13 Aralık 1823 arasındaki sadrazamlığından yararlanarak ordudaki muhalifleri kovma , zorla sürgün ya da emeklilik hatta dolaylı olarak yok etme ile yeniçeri ocağında büyük bir temizlik yapmağı başardı. II.Mahmut'un has adamı oldu. Ağa Hüseyin Paşa (1776 – 2.4.1849) olarak Bursa ve İzmit valiliği ve Boğaziçi kale komutanlıkları yaptı. II.Mahmut'un hükümranlığı sırasında daima onunla beraberdi. Yerine getirilen Celaleddin Mehmet Ağa yeniçeri birliklerinin sonunun getirilmesinde padişaha yardımcı oldu.Donanma Tophane'sinde bir subay olan Papuççu Ahmet buradaki ve Haliç'teki kayıkçıları ve hamalları örgütledi ve padişahın emrine verdi.Çeşitli komuta kademelerinde bulunduktan sonra o da 9 Mart 1829'dan vefat ettiği 5 Mayıs 1830'a kadar kaptan – ı deryalık yaptı.''Bütün uğraşmalara rağmen tam bir ıslah programı uygulanamadı.Ordu yine eskisi kadar yeteneksizdi, Yunan isyancılarıyla baş edemiyor, en küçük kışkırtmada İstanbul sokaklarında karışıklıklar çıkarıyor, taşradaki birlikler halka çuok sert sert muamele ediyordu'' (Shaw II,33)
Sultan. Mahmut'un yakın siyasal ve askeri danışmanı Galata'daki Galip Efendi Mevlevi dervişhanesine bağlı Mehmet Sait Halet Efendi (1761 – 1823) idi. III. Selim zamanında Paris'te 1802 -1806 arasında Osmanlı elçiliği yapmış olan Halet efendi zamanın en tutucu liderleri arasında en etkili olandı. İstanbul'a döndükten sonra III.Selim'in tahttan indirilmesini gerçekleştiren tutucu ve gerici koalisyonun içinde yer almıştı.Bağdat'ta Memlük lideri Süleyman Ağa'nın uzun süren hükümdarlığına 1810'da son vermiş ve orada Osmanlı egemenliğini sağlamıştı. Bu nedenle padişahın lütfuna mazhar olmuştu.Yabancı düşmanlara ve ayana karşı askeri seferlerin düzenlenmesinde yardımcı olmuştu fakat modernleşmeye karşıydı. Onun en önemli rakipleri ve karşıtları Batı ve İslam kültürlerinin en önemli etkenlerini kendinde toplamış olan 1817 – 1821 arasında görevde kalan Reis ül- Küttap Canip Mehmet Besim Efendi, Kaptan – ı Derya Mehmet Hüsrev Paşa ve zamanın en büyük liberali 13.12.1823 – 14.9.1824 arasında sadrazamlık yapmış olan ve Amiens barış görüşmelerinde Osmanlı elçisi olarak katılan , ve II. Mahmut'u tahtta çıkaran Rusçuk ayanındanSait Galip Paşa (1763 – 1829) idi. Onun padişaha verdiği rapor reform çabalarını hızlandırmıştı. Halet Efendi'nin Yanyalı Ali Paşa'ya 1821'deki karşı seferini ve bu sefer sonunda Ali Paşa'nın öldürülmesini, 1821 Mart'ında Yunan İsyanı'nın başlamasını bahane olarak kullanan Galip Paşa sonunda Halet Efendi'nin azlini, Konya'ya sürgüne gönderilmesini sağladı. Halet Efendi orada boğdurularak öldürüldü.
10 Kasım 1822 ile 10 Mart 1823 arasında sadrazamlık yapan Deli Abdullah Paşa, Halet Efendi'nin hükümetteki yandaşlarını temizledi. Yerine geçen ve 10 Mart ve 13 Aralık 1823 arasında sadrazamlık yapan Silahtar Ali Paşa yeniçeri ocaklarının kilit noktalarına padişah yanlılarını getirdi, Şeyhülislamın reformlara karşı gelmemesini sağladı.Onun yerine geçen Galip Paşa yeniçeri ordusunun tasfiyesi için planlar hazırladı. Tasfiye hazırlıklarını tamamladı.Yunan isyanın yarattığı sorunlarla ilgilendi. Bürokrasiden geldiği için orduyu yönetemeyeceğini düşüncesiyle yerine 14 Eylül 1824 -1828 arasında sadrazamlık yapmış olan, 176. Osmanlı sadrazamı olarak Benderli Selim Mehmet Sırrı Paşa (1771 Moldova – 1829 Şam, Suriye) getirildi.
O ‘'Mısır'da başlıca siyasal rakiplerini uzlaşma ya da ortadan kaldırma yoluyla etkisizleştirirken , bir yandan da uzun sürecek egemenliği boyunca yapacağı reformlara başlayarak kendi bağımsız güç temellerini oluşturmaktaydı. Bunlar arasında, modern bir ordu ve yalnız kendisine bağımlı merkezi bir yönetim , reformlarını gerçekleştirebilmek için ülkenin ekonomik zenginliğinin geliştirilmesi, yarım bir hanedanlık düşüncesinin yayılması, ailesiyle yandaşlarını, kendisini ve haleflerini desteklemek için yeni ve sürekli bir soylular sınıfı düzeyine yükseltmesi sayılabilir.''(Shaw II,36)
1806'dan beri Ruslarla savaş sürüyordu. Boğazlar ve İzmir abluka altına alınınca II. Mahmut barışı kabuletti. Çanakkale'de İngilizlerle Kale- i Sultaniye barış anlaşması imzalandı. İngiltere Mısır dahil işgal ettiği tüm Osmanlı topraklarında çıkacak, padişah da İngilizlere eski kapitülasyonlarda verilen ayrıcalıkları tanıyacaktı. İngiltere Osmanlıların barış zamanında Boğazların tüm savaş gemilerine kapalı kalması teklifini kabul etti.Osmanlı İmparatorluğuna bir Fransız saldırısı olursa İngilizler Osmanlılara yardım edecekti.Ruslarla Osmanlıların barış yapması durumunda İngiltere Osmanlı toprak bütünlüğünün korunmasını sağlayacaktı. Rusya 1812 ‘de Osmanlıları yendiğinden Osmanlıları 1812 Ocağında anlaşmaya zorladı , görüşmeler başladı. Haziran 1812 ‘de Napoleon Bonapart ünlü Rus istilasına başladı. Ruslar Bükreş'te Osmanlılar'la Bükreş Barış Antlaşması imzalamak zorunda kaldılar. Osmanlıların isteklerini kabul ettiler. Rusya'ya yalnız Basarabya kalıyor,Karadeniz'in kuzeyinde ve Kafkasya'da elde ettikleri toprakları iade ediyorlardı .Osmanlılar Sırp özerkliğini kabul ediyordu.Ruslar Osmanlı devletindeki Hıristiyanları koruyacak , konsolosluk açabılecekti ve Rusların ticari imtiyazları devam edecekti. Rusya böylece ilerde Osmanlı iç işlerine karışma imkanını elde ediyordu
Varılan barış II. Mahmut'u soluklandırdı. Trakya , Makedonya, Tuna kıyıları,ve Eflak'ın büyük bir kısmı ayandan temizlendi. 1814 – 1820 arasında doğrudan doğruya Osmanlı denetimine geçti. Sırplar iki kez isyan etti .En sonunda 29 Eylül 1829 tarihli Edirne anlaşmasıyla Osmanlı egemenliği kabul edildi. Sırp isyan lideri Miloş'u, II. Mahmut Sırp prensi olarak kabul etti.Osmanlı garnizonları ve tımar askerleri ülkeden çekilecek, yalnız sınırlardaki kalelerde bazı askerler kalacaktı. Sırplar vergilerini yıllık toplam olarak ödeyecek, Osmanlı memurları vergi tahsil etmeyecekti. Böylece Sırbistan'ın özerkliği bir anlamda tanınıyordu.1812 ile 1817 arasında Hurşit Ahmet Paşa, Balkanlar'da başarılı olan yöntemlerle Anadolu ayanlarını ortadan kaldırdı ve Anadolu doğrudan doğruya merkezi denetim altına sokuldu.. Uzak Arap vilayetlerinde doğrudan doğruya Osmanlı yönetiminin yeniden ihya edilmesi daha güç ve daha az başarılı oldu.Hatta bazı durumlarda başarısız oldu.
İran'da İngilizler Şah Feth Ali'nin ordularını kurmaya çalışırken Ruslar İran'I kışkırtıyor ve sınırlarda sık sık olayları yaşanıyordu. II.Mahmut sonunda 1820 Ekim'inde İran'a savaş açtı. Erzurum valisi eski gözdesi Hüsrev Paşa'yı kuzeydeki ordunun başına getirdi. Güneydeki harekatı da Bağdat Memlüklüler yürütecekti. İran orduları Eylül 1821 ‘de Beyazıd'I ele geçirdi. Erzurum'a doğru yürümeye başladı. Bir diğeri de Bitlis'I aldı ve kendine sığınan ayanın yardımıyla Diyarbakır'a doğru yoluna devam ediyordu. Fakat kolera salgını istilacıları barış yapmak zorunda bıraktı. 28 Temmuz 1823 Erzurum anlaşmasıyla İran hacı ve tüccarlarına padişahın topraklarına girme izni verildi. Rusların Erivan'I ve 1827'de Tebriz'I işgalleri İranlıların Osmanlılara karşı bir daha harekete geçmesini önledi. Şah Aras nehrini yeni sınır kabulederek Ruslara 1828'de büyük savaş tazminatı ödemek zorunda kaldı.
1699'daki Karlofça anlaşmasının bir sonucu olarak Yunanistan Akdeniz'in Orta Avrupa ile olan ticaretinde zengin bir aracı olmuştu. Osmanlıların 1774 ve 1794'de Rusya ile yaptığı anlaşmalar boğazları hem Rusya ve Avusturya ticaret gemilerine açtı hem de padişahın Yunan tebaasına Rus bayrağı altında kendi gemilerini işletme imkanını vermişti. Fransız ihtilali savaşları sırasında Fransız ve İngiliz gemileri savaşta olmalarından Yunanlılar kendi filolarını geliştirdiler ve Osmanlıların Avrupa ile deniz ticaretinin büyük kısmını ele geçirdiler.
Bu durum Yunanistan'da tarım ve sanayii canlandırdı. Halkın refahı arttı. Bu ticaret Yunanlıları Avrupalı çalışma ve düşünce bilincine yaklaştırmış ve bağımsızlık ve milliyetçilik konusunda liderler yetişmesine zemin hazırlamıştı. Yunanlıların pek çoğu Osmanlı İmparatorluğu içindeki durumundan memnundu. Ancak yanyalı ( Tepedelenli ) Ali Paşa ile padişah arasındaki çatışma Yunanlılar için bir ihtilal ortamı hazırlamıştı.
1814'de Kırım'da yaşayan Yunanlı tüccarlar gizli bir dernek kurdular. Philiki Hetairia -Dostlar Derneği -hücre yoluyla Yunanistan'da halkı padişaha karşı kışkırtmaya başladı , bunda da başarılı oluyordu. İstanbul'un ortodoks liderleri bu harekete yardımcı oluyordu. 1820'den önce karşılarında en büyük engel Yanyalı Ali Paşa idi (1740 -24.1.1822). Ali Paşa Arnavutluk'ta gücünü pekiştirmiş, Yunanistan'a ve Mora'ya kadar girmişti. İstanbul'da o sıralarda hala etkin olan ve Fener Rumlar'ının etkisi altında kalan Halef Efendi padişahın dikkatini Hetairia'dan rakibi gördüğü ve altetmek istediği Ali Paşa'ya çevirtmişti.Bunun sonucu Ali Paşa ve oğulları görevden alındı. Kendilerine karşı , 23 Mayıs 1820'de deniz ve kara seferleri hazırlığına başlandı.
