Yunan milliyetçileri dostlukları nedeniyle Ali Paşa için binlerce taraftar topladı. Bab-ı Ali Ali Paşa'yı isyancı ilan etti. 1820 Ağustos'unda Ali Paşa Osmanlı askerleri tarafından Yanya ‘da kuşatıldı. Kuşatma bir yıl sürdü. Kıtlık başladı. Padişahın kendisini af edeceğini düşünerek Ali paşa teslim oldu. İstanbul'daki dostları onun af edilmesi için uğraştılar. Halet Efendi böyle bir anlaşmayı kabul etmedi ve 24 Ocak 1822'de Yanya bölge komutanı Hürşit Ahmet , Ali Paşa'yı öldürtdü ve Balkanlar'da başlayan milliyetçilik hareketlerini bastıracak olan gücü belki de farkında olmayarak ortadan kaldırmış oldular. Ali Paşa ölmüş Osmanlı ordusu İstanbul'a dönmüştü. 1821 Mart'ından itibaren genişleyen Yunan milliyetçilik hareketi adaları da kapsayacak şekilde yayılmıştı. Mora'da 1822 yılı Ocak ve Aralık'ta iki kez toplanan millet meclisi Yunanistan'ın bağımsızlığını ve yeni anayasasını ilan etti. Fakat 1823'de Yunanistan'da çıkarları çatışan guruplar arasında iç savaşa başladı. Osmanlılar Mora'ya giremedi .
Yeniçeriler ve eski ordu birliklerine karşı İstanbul'da tatminsizlik arttı. II Mahmut , kendine hala bağlı bulunan ve oğlunun o sıralarda Vehabbilere karşı başarılı seferleri yüzünden İstanbul'da itibarı artmış olan Mısır valisi Mehmet Ali Paşa'yı yardıma çağırdı. Paşa, padişahına bağlı bir vasal olduğunu kanıtlamak ve Yunanistan'a da hakim olmak , Ege ile bozulan ticaretini düzeltmek için bunu kabul etti. Padişah'tan Mora ve Girit valiliği sözü aldı..GiritE getirdiği 17.000 kişilik kuvveti Mora ‘ya taşıdı, isyancıları bastırdı, ülkenin içine doğru ilerledikçe yaktı , yıktı. Osmanlı ordusu da kuzeyden saldırdı. 30 Nisan 1825 - 23 Nisan 1826 arasında isyan bastırıldı. II. Mahmut bütün bunlardan sonra imparatorlukta merkezi denetimi saptamış oluyordu.
II.Mahmut yeniçeri ordusunu tasfiyeye hazırlanırken ulemayı da kazanmak için de kendine bağlı olanları üst görevlere getirdi. Şeyhülislam Mekkizade Mustafa Asım Efendi padişahın planlarına uymakta aksayınca yerine 26 Kasım 1825 ile 6 mayıs 1928 arasında görev yapan Kadızade Mehmet Tahir Efendi getirildi. Yeniçeri ağası ve yardımcıları yeniçeri ocağının ortadan kaldırılmasına rüşvetle ikna edildiler (Shaw II, 46). İstanbul'da bulunan 51 yeniçeri ocağının her birinden en yetenekli 150 kişi alınarak Eşkinciyan Ocağı kuruldu. Yeni birliğe hemen asker alımı başladı. 14 Haziran gecesi yeni birliğin eğitime başlamasından iki gün sonra yeniçeriler çorba kazanlarını ters çevirerek isyan ettiler. Kendilerine esnaftan katılanlar oldu. Yeniocağı destekleyenlerin evleri ve Bab – ı Ali yağma edildi.II Mahmut isyancıların isteklerini red etti. Peygamber bayrağı çıkarıldı. Halk padişahı destekledi Yeniçeriler Etmeydanı'ndaki kışlalarına çekildi. Ele geçirilen ele başları yakalandı. Öldürüldü. Kışla topa tutuldu. Bu olay tarihe Vaka - i Hayriye – Hayırlı Olay – olarak geçti. Bu tasfiye başka kurumların da tasfiye edilmesini başlattı. İlk olarak ilk çağlardan beri ocağa manevi destek olmuş, halkla yakınlığını sağlamış olan bektaşi dergahları kapatıldı.Bektaşi dervişleri dağıtıldı.Bektaşi büyüklerinden bazıları öldürüldü. Mülklerine el kondu.Bu mülkler cami, medrese , kervansaray hastane gibi işlerin yapılmasına tahsis edildi. Yeniçerilerin tasfiyesinden önce II. Mahmut kendisine bağlı gençleri yüksek görevlere getirmişti. Reformların uygulaması süresince bu kişiler padişaha bağlılıklarından ayrılmadılar. Uygulamaların başarılı olmasını sağladılar.
Büyük reform olayı olan Tanzimat'a doğru gelişmeler olurken iç işlerinde yöneticiler arasındaki rekabet devleti zayıflatan bir etken olarak kendini göstermekteydi. Kalemiye sınıfından çıkmış eski reformcuların amaçları bu nedenle tam gerçekleşmemişti.
Bunların arasında en önemlisi Galip Efendi'nin himayesinde yetişmiş olan Mehmet Sait Pertev Paşa idi (1785 – 1837). Pertev Paşa önce reis -ül küttap (1827 – 1830), daha sonra sadrazam kethüdası (1831 – 1836) olmuş , bu mevki İçişleri Bakanlığı'na çevrilince bu görevde, Bakan olarak kalmıştı.
Mart 1836). Ancak rakibi Akif Paşa'nın(1787 – 1845) entrikaları sonucunda görevden alınmış ve Kasım 1837'de öldürülmüştür. Reformcular bir kurban daha vermişlerdir. Pertev Paşa'nın yerine nazır – bakan – olan Akif Paşa 1837'de Pertev Paşa'nın yandaşlarının oyunlarına kurban gitmiştir.II Mahmut'un sonraki yıllarında onların yerini alan , onların yetiştirdiği kişi Mustafa Reşit Paşa (1800 – 1858) olmuştur..Kalemiyede yükselen Mustafa Reşit Paşa 1834 – 1836 arasında Paris ve 1836 – 1837 arasında Londra elçiliği , 1837 -1841arasında Dışişleri Bakanlığı ve 1846 – 1848 ,1852, 1854 -1858 arasında sadrazamlık yapmış, Osmanlı reform hareketinin gerçek önderi olmuştur. Yanında önemli miktarda insan yetiştirmiş, bunda başarılı olmuş , yetişenler reform meşalesini yüzyılın sonuna kadar taşımış ve iktidarda kalmışlardır.
Askerlik alanındaki reformlarda önderliği yapan Mehmet Ali'den önceki Mısır valisi , eski savaşçı Mehmet Hüsrev Paşa'dır(1756 -1855). Mısır'da Fransızlarla ,Anadolu'da ayanla , Mora'da Yunanlı isyancılarla savaşmış, 1811 – 1818 arasındaki Kaptan- ı Deryalığı sırasında donanmayı modernleştirmiştir. Halet Efendi ile rekabeti nedeniyle görevinden alınmıştır. Yençeri ordusunun kaldırılmasından sonra yeni ordunun ikinci komutanlığı görevine getirilmiştir
II Mahmut , ilmiye sınıfında ise ilkin 1821 ve 1822 yıllarında Şeyhülislam Yasincizade Seyyit Abdül Vehhab Efendi ile çalıştı. Vehhab Efendi ,Halet Efendi'nin düşüşünden sonra yine bu göreve getirilmişti.1823 -1833 arasında görevde kalmıştır. Sonra yerine Halet Efendi'nin rakiplerinden bir başkası Mekkizade Mustafa Asım Şeyhülislam olmuş ve 1818 -1819 ve 1823 -1825 yılları arasında görev yapmıştır. Mekkizade II. Mahmut'tan sonra tahtta çıkan Abdülmecit zamanında , 1846'da ölene kadar bu görevde kalmıştır. Bu süre içinde ulema sınıfından padişahın reformlarına karşı çıkabilecek engeller önlenmiştir
II Mahmut döneminde yapılan reformlar çok kısa bir şekilde aşağıdaki gibi özetlenebilir:
16 Haziran 1826 tarihli fermanla Hüseyin Paşa komutasında Muallem Asakir -I Mansure-I Muhammediye ordusu kuruldu. Ordunun yönetiminde bir çok değişiklikler yapıldı. Ünlü besteci Donizetti'nin kardeşi Guıseppe Donizetti İstanbul'da uzun yıllar (1826 – 1856) kaldı. İmparatorlukta Askeri müzik dahil Batı müziğinin gelişmesini sağladı. Orduda ‘'gavur icadlarının'' etkisini azaltmak ve dengelemek için her kışlaya bir imam atandı. Topkapı Sarayı çevresini ve padişahı korumak için Hassa Birlikleri , önce Silistre'de sonra İstanbul'da batıdaki gibi atlı birlikler, ordunun lojistik ihtiyacını karşılamak için Cebahane Ocağı kuruldu, Mehterhane Ocağı ve Mühendishane – i Bahri Hümayun genişletildi. Yeni ordu için subay yetiştirecek Enderun- u Hümayun Ağavatı Ocağı yürürlüğe girdi.1827' Mart'ında Tıbhane açıldı. Vakfı Hümayunlar Vakıf Nezareti altında toplandı.Bu durum ulemanın gelirini hayli azalttı..Mansure ordusunun mali açıdan desteklenmesi için Mukata'at Hazinesi isimli bir kurum kuruldu. Donanma için daha önce Tersane hazinesi kurulmuştu. Rüsumat- ı Cihadiye -Kutsal Savaş – vergisi ihdas edildi. Padişaha ve reformlarına karşı eski yeniçerilerden arta kalanlar,tutucular ve ulema , esnaf , tüccar sınıflarından ve eski reformculardan çıkarları zarara uğrayanlar muhalefete başladılar.
İngilizler , Matternich'le birleşerek önerdikleri arabulucu olma teklifinin kabulünü istiyorlardı. Padişah birinci gurubu seçti. Yunanistan'daki müttefik Osmanlı ve Mısır birliklerine harekete geç emri verildi. 1927 Haziran'ında Atina ele geçirildi. Bu arada İngiltere Londra'da 6 Temmuz 1927'de Fransa ve Rusya ile bir anlaşma imzaladı. Anlaşmaya göre iki taraftan biri arabulucuğu kabul etmezse müdahale edilecekti. II. Mahmut direndi. Bunun üzerine Müttefik Donanması Doğu Akdeniz' e girdi. Çanakkale Boğazı ve Mora'yı abluka altına aldı. 1827 Eylül'ünde Osmanlıların ikmal yolları kesildi. İbrahim Paşa ve askerlerini Mora'ya getiren Mısır gemileri Navarin'de demirlemiş olan Osmanlı donanmasına katıldılar. Navarın de Ekim başlarında ablukaya alındı. Müttefikler Osmanlıları denizde savaşa zorlamak için Zanta ‘ya çekildiler. Osmanlılar limanı terketmedi. Sonunda müttefik savaş gemileri 20 Ekim'de , sözde İbrahim Paşa'nın Mısır'a dönmesini sağlamak için limana girmişdi.Amaçları savaşa başlamaktı. Kendilerine doğru bir Osmanlı savaş gemisinin geldiğini bahane ederek müttefik gemileri yoğun bir topçu ateşi başlattı. Üç saat içinde 57 Osmanlı ve Mısır gemisi batırıldı, 8000 denizci ve asker öldürüldü. Müttefikler, kendilerinin limana girmelerini önlediği için Osmanlıları suçladı. Bu durum bundan sonraki yüzyılda Osmanlı devletininin Avrupa'nın nasıl bir tutumuyla karşılacağını gösteriyordu . Navarin Baskını bütün taraflar çok önemli sonuçlar doğurdu. Yeni Osmanlı filosu tümüyle yok olmuştu. İbrahim Paşa'nın Mısır'dan malzeme ve asker getirmesi önlenmişti. Böylece Yunan isyancıların kesin zaferi garantilenmişti. Daha sonra imparatorluğu Avrupa'nın emperyalist emellerinin kuklası haline getirecek olan yol açılmış oldu..(Shaw II, 59). İngilere ve Fransa bu baskının Osmanlıları arabuluculuğa yönelteceğini düşünmüştü. Osmanlılar direndi. Tüm Müslümanların Ruslara ve Yunanlılara karşı silah altına alınması çağrısında bulundu .(Ocak 18). Boğazların tümü yabancı gemilere kapatıldı (5 Şubat 1828). 1825 sonlarında tahtta çıkan II. Nikola İran'la olan uzun süren savaştan 1827yılında kurtulmuş , serbest kalmıştı. Osmanlı İmparatorluğunu yıkmak amacıyla 28 Nisan 1828'de Osmanlılara karşı savaş ilan etti. Birhafta içinde Rus orduları Boğdan, Kafkasya ve Doğu Anadolu'ya girdi.Rus filosu da Akdeniz'de Yunanlılara silah ve malzeme taşımağa devam etti.
Yeniçeri ocakları dağıtılmış,donanma batırılmış, Masure ordusunun eğitimi tamamlanmamıştı..Ağa Hüseyin Paşa'nın komutasındaki Balkan Ordusu'nun çoğunluğunu Tatarlar ve tımarlılar teşkil ediyordu. Fransız vasalı Cezayir'den satıalınmak istenen gemiler , Cezayir Fransız ablukası altında olduğundan alınamıyordu. Mehmet Ali Paşa padişahın yardım isteklerine para önerisiyle yanıt veriyor eğer Anadolu'da bir valilik verilirse asker yardımı yapabileceğini bildiriyordu. Sınırlarda beslemek için bir ikmal düzeni kurulmuştu. Fakat yolların kötülüğü ve yerel memurların fırsatçılığından dolayı malzemelerin sevkiyatı ve teslimi geçiriyordu.
Rusların saldırıya hazır 100.000 askeri vardı. Üç kol halinde prensliklere yürüdüler.İlk kol 19 Haziran'da İbral'i aldı,16 Haziran'da Dobruca'ya girdi. İkincisi Silistre'ye saldırdı. Üçüncü kol Rusçuk'tan Vidin'e kadar Tuna boyundaki Osmanlı garnizonlarını uğraştırarak savunma hareketi yaptı. Hüsrev Paşa kısmen başarılı idi.Ruslar doğuda daha başarılı idi. Karadeniz kıyısından ilerleyerek Anapa ve Ahıska'yı aldılar. Ermeni halkının yardımıyla Doğu Anadulu'ya girdiler Kars'a kadar ilerlediler ve 1828 Temmuz'unda Kars'ı işgal ettiler . Böylece bugünkü Ermeni sorununun temeli o zaman atılmış oluyordu. Ekim 1826'de Müttefikler Mehmet Ali'nin askerlerini Mora'dan çekmesini ve kilit mevkileri Kapodistria'nın liderliğindeki yeni Yunan hükümetine bırakmasını istedi. Londra'da yapılan üçlü anlaşma. Sonunda ayrıca Girit ve Yunan adalarını kapsayan bir ufak devleti kurulacaktı. Hüsrev Paşa bir yıl iyi dayandı fakat daha sonra kıtlık ve veba salgını başladı.1829 yazında Osmanlı direnişi kırıldı. Ruslar Balkan dağları geçitlerinden indi, Şumnu'ya uğramadan , 19 -22 Ağustos arasında üç günlük kuşatmadan sonra Edirne'yi aldılar. 8 Temmuz 1829'da Erzurum'u aldılar ve Trabzon'a doğru yürümeye başladılar. Atlı birlikleri daha da ileriye ulaşmıştı. Dehşet içinde kalan padişah Avrupalı güçlerden arabuluculuk istedi. Sonunda 14 Eylül 1829'da Edirne Anlaşması imzalandı. Toprak konusundaki maddeler beklenildiği kadar kötü değild. Prut güneyinden Ruslar çekilecekti, Çar Tuna Halici'nin denetimine ve Tuna boyunca ticaret yapma hakkına sahip oluyordu. Doğu'da Ruslar Erzurum,Kars ve Bayezid'den çekiliyor , Rusların Kafkaslar, Gürcistan ve İran'dan alınmış Nehcivan ve Erivan ‘ı ellerinde tutmaları kabul ediliyordu.Osmanlılar 10 yılda Ruslara 400 milyon kuruş tazmınat ödeyecekti. Bu ağır bir yüktü.Çünkü Osmanlı yıllık devlet bütçesi bunu yarısı kadardı.
Rusya ile savaşın bitmesi ve Yunan sorununun çözümü II. Mahmut'un askeri ilişkilerinin ve toprak kayıplarının sonu olmamıştı. Yabancı güçler onu 1830'da Yunanistan'ın tam bağımsızlığını kabule zorladılar.İki yıl Sonora Sisam ve Kiklad adalarının da Yunanistan yönetiminde özerk bir prenslik olmasını sağladılar. Üç yıllık ablukadan sonra Fransızlar Cezayir'i işgal etti. Padişahın eve verimli Kuzey Afrika toprakları elinden çıkmış oldu. 29 Ağustos 1830'ta II.Mahmut Sırbistan devletine tanınan ayrıcalıkların genişletilmesini kabul etmek zorunda kaldı.
Mehmet Ali Paşa savaş sonunda padişahtan istediklerini alamamış , Suriye'ye vali atanamamıştı. İleri sürdüğü önemsiz nedenlerle padişaha başkaldırdı.Suriye'ye yürüdü.Kısa sürede Gazze,Yafa, Kudüs,ve Hayfa'yı aldı. Daha sonra Sayda, Beyrut ,Trablus ve en sonunda 18 haziran 1832'de Şam'ı işgal etti.Osmanlı orduları geçikerek Suriye'ye girince yabancı olarak karşılandılar. Mısır ordusu Osmanlıları Belen ve Humus savaşlarında yendi. II. Mahmut Mehmet Ali'ye karşı hazırlanan ordunun başına Sadrazam Reşit Mehmet Paşa'yı getirdi.Padişaha çeşitli nedenlerle karşı olanlar Mehmet Ali Paşa'ya katıldı. 21 Kasım'da Mehmet Ali Konya'ya girdi. Osmanlıları dağıttı. O hala padişahın sadık kulu olduğunu savunuyor , sadece kendisine daha önce vaad edilmiş Suriye'yi almak istediğini söylüyordu. Padişah Konya'da büyük bir felake uğramış oluyordu. İngilizler ve Fransızlar kendilerinden istenen yardım tekliflerine uygun yanıt vermeyince II.Mahmut, Rus çarına başvurdu. ‘'Rus birliklerinin gelişlerini düzenlemek için 25 Aralık'ta bir Rus askeri heyeti İstanbul'a geldi. Kahire'deki Fransız ve İngiliz temsilcileri bunun üzerine Mehmet Ali Paşa'ya Suriye valiliğini garanti edecek bir anlaşma yapması için aracı oldualr''. (Shaw II , 63). Bu arada Mehmet Ali Paşa 2.Şubat.1833 ‘te Kütahya'yı işgal etmiş , Bursa'da kışlamak için padişahtan izin istemişti. Durumdan çok korkan II. Mahmut bir Rus donanmasının 20 Şubat'da Boğaziçi'ne gelmesine, bir Rus askerlerinin da Hünkar İskelesi'nde çadır kurmalarına izin verdi. Telaşlanan İngiliz ve Fransız elçileri Kilikya dışında bütün Suriye'yi Mehmet Ali'ye vermesi için padişahı ikna ettiler. 9 Mart 1833'te Mehmet Ali'ye de işbirliğine yanaşmazsa kıyılarını abluka edeceklerini ve Fransa'nın askeri desteğini çekeceği bildirildi. Ruslar II. Mahmut'a gerekli Rus ordusunu zamanında getiremiyeceğini bildirdi. Bunun üzerine Mahmut , Mısır ordusunun başındaki İbrahim Paşa'nın askerlerini geri çekmesi halinde Mısır'ın bütün isteklerini kabul edeceğini ilan etti. Rusların da askerlerini Büyükdere'ye çıkarmalarını istedi. Böylece İbrahim Paşa sürpriz bir saldırı yaparsa İstanbul savunabilecekti. Ruslar 5 Nisan'da geldiler. Bu olay İstanbul'da ulema ve halk arasında karışıklık çıkardı.Müslümanlara karşı dinsizlerin Osmanlıları savunmasını istemiyorlardı. Rus varlığını karşısında görünce İbrahim Paşa da büyük amaçlarından vazgeçiyordu.Taraflar arasında Kütahya görüşmeleri başladı. Padişahı daha sonra paşa olacak Mustafa Reşit Efendi temsil ediyordu. 29 Mart 1833'te anlaşmaya varıldı.İbrahim Paşa'ya Şam ve Halep valiliği ve Adana muhassıllığı verildi. Padişah verilen bu ödüne çok kızdı ve Mustafa Reşit Paşa'nın öldürülmesini emretti. Paşanın siyasal yandaşları padişahı bu kararından vazgeçirtti. Mehmet Ali Paşa'nın Mısır ve Girit valilikleri ve İbrahim Paşa'nın da Cidde valiliği onaylandı. Ve İbrahim Paşa Anadolu'dan çekildi ve bunalımın sonlandığı sanıldı.
Çar Nikola Osmanlılarla Mısır arasındaki anlaşmadan memnun kalmamıştı. O İstanbul üzerinde Rus üstünlüğünü sürekleştirmek ve Fransız ve İngiliz etkinliğini kırmak istiyordu. Hünkar İskelesi Rus kampında 8 Temmuz 1833 ‘de imzalanan anlaşma onun emellerinin büyük bir kısmını kapsıyordu. Edirne Anlaşması da onaylanmıştı. Sekiz yıl boyunca taraflardan birinin topraklarına saldırı olursa birebirlerine yardım edeceklerdi. Ruslar saldırı halinde Osmanlıların boğazları kapatmasını istiyordu. Böylece saldırıdan kendilerini korumuş olacaklardı. Ruslar Osmanlılar'dan başka bir yardım beklemiyordu.
Yeniçeri ocağı kaldırılmış, yeni bir ordu kurulmaya başlamış, Anadolu, Bosna, Makedonya ve Irak'ta çıkan isyanlar kısmen bastırılmıştı. Fakat Mısır'a olan yenilgi ve dost olduğunu ileri süren güçlerin hareketleri ülke içinde muhalefeti arttırmıştı. Reformlara karşı tarafsız kalanlar yenilgileri , artan ekonomik ve mali sıkıntıları reformlara bağlamaya başlamıştı.Padişahın ‘'dinsizce'' tutumları, ve İstanbu'da artan miktarda yabancı bulunmaya başlaması bu muhalefeti daha da körüklüyordu. Huzursuzluğu bastırmak için II. Mahmut Mansure ordusunu kullanıyor, bu da tatminsizliği daha da arttırıyordu.(Shaw II, 64).
