John, fazla gecikmeden yeni bir çatışmanın içine yuvarlandı. Bu kez çatışma din ile ilgiliydi. 1205 yılında Hubert Walter, Archibishop of Canterbury- Canterbury Başpiskoposu- öldü. John, onun yerine güvendiği danışmanı Norwich piskoposu John de Gray'i atamak istedi. Fakat, 1198 -1216 arasında papalık yapmış olan Papa İnnocent III (1160 –1216) Kardinal Stephen Langton'un bu göreve gelmesini istiyordu. Monarklar üzerinde tam bir egemenlik kurmak isteyen Papa bunda inatçıydı. John ise bu isteği kabul etmedi. İkisi arasında 1213'e kadar süren bir anlaşmazlık ortaya çıktı.
John bu konuda haklıydı. Langton Paris'te yetişmişti, Fransız sarayına yakındı. Ve kardeşi Simon İngiltere'de John'ın muhalifleri arasındaydı. John zaman kazanmak isterken, Papa sabırsızdı. 1208'de, Papa bütün İngiltere'yi kapsayan bir yasaklama kararı yayınladı. Baptism dışında bütün kilise servislerini iptal etti. Bundan dolayı ölüler ormanda ve yol kenarlarında gömülmeye başladı. İngiltere'de yalnız iki piskopos kaldı. Ertesi yıl da Papa John'ı aforoz etti.
John bunun üzerine zayıflayan kiliseden yararlanarak kendi hazinesini doldurmaya başladı. Kilise mensuplarının mallarına el koydu. Evli olmamaları gereken kilise mensuplarının beraber yaşadığı metreslerini kontrol altına aldı ve ancak bir bedel karşılığında salıverdi. Bu kısa arada 65,000 sterlin, bugünün parasıyla 35 milyon sterlin toplamış oldu.
John'ın aforoz edilmesi onun düşmanlarını teşvik etti. Kıral Henry 1213'te, Papa'nın desteği ile İngiltere'yi işgal etmeyi planladı. John, Papa'nın kendi tarafında olmasını istiyordu. Onun için onun dediklerinin hepsini kabul etti. Langton, Canterbury başpiskoposu oldu. Topladığı paraları iade etmeyi önerdi. Bütün topraklarını Papa'nın emrine bıraktı. Kendisi, bundan böyle, Papa adına İngiltere'yi yönetmeyi kabul etti. Bu arada İngiliz donanması 1213 Mayıs'ında Fransız donanmasını Damme'de yendi. John, Philip'in tehdidinden böylece kurtulmuş oldu.
1209'da John İngiliz adaları üzerinde egemenliğini pekiştirmek için büyük bir ordu ile İrlanda ve İskoçya'ya yürüdü. Onların, baş düşmanı Fransızlarla iş birliği yapmasından korkuyordu. Yaşlı İskoçya kıralı Aslan William'ın kendisiyle pahalı ve küçük düşürücü bir anlaşma yapmasını sağladı. 1210'da 800 şövalye ve 1000 kişilik bir orduyla İrlanda'ya girdi. Orada William Marshal ve güçlü lordlar John ‘a karşı idi. Onlar, John'ın Fransız kampanyasına gerekli fonları temin için, kendilerini para konusunda sıkıştırmasından şikayetçi idiler. Sonunda ya John'ın isteklerini kabul ettiler ya da kabul etmeyen bazıları kaçtı. Wales'de – Galler'de- Llywelyn the Great isyan etmişti. 1211'de o da John'a karşı koyamadı ve onun ağır koşullarını kabul etti ve Snowdonia'ya yerleşti. Böylece İngiliz adalarında herkes İngiliz kıralı önünde eğilmiş oldu.
John bu arada kişisel düşmanı, uzun süre kendisinin sağ kolu olan William de Braose'u da yendi, yok etti. William, Bamber ve Barnstaple baronu ve Galler lordu idi. 1201'de John İrlanda'da Limerick'i William'a 5000 marka teklif etti. 6 yıl sonra William borcun büyük kısmını ödeyememişti. John, William'ın William Marshall ile bağlantısı olduğu şüphesine düştü. Onu yakalamanın peşine düştü. William Fransa'ya kaçtı. Fakat toprakları, eşi ve kızı John'a geçti. Ve John en dehşet verici davranışına burada gösterdi. Windsor Kalesi'nde onları hapsetti ve onları aç bırakarak ölmelerine neden oldu. Onun bu davranışı, Braose'ın ve eşinin, John'ın Arthur of Brittany'e ne yaptığını bilmelerinden de kaynaklanıyordu.
Tarihçilere göre John'ın bu konudaki davranışı onun en büyük hatasıdır. İngiliz baronları John'ın bu hareketinden şok oldular. Eğer en güvenilir Braose ailesi bile, bu şekilde bir şiddete uğramışsa, onların hiçbiri güvenlik içinde olmayacaktır. Baronlara göre ‘'artık hareket etmenin zamanı gelmiş demektir''.
